但是，冯太后同时也面临着巨大的挑战。献文帝死后，政局又动荡起来，不仅如此，官吏贪残刻剥，民众反叛屡起，也使北魏统治面临潜在的威胁。为了北魏的长治久安，也为了巩固自己的权力地位，冯太后恩威兼施，充分施展了她高超的政治智慧和政治才干。
在这个过程中，冯太后培植起忠于自己的一批亲信。其中有一个成为了冯太后的又一位情夫，并且相当有才干。这人是陇西的李冲。李冲，字思顺，陇西狄道（今甘肃临洮）人，是北魏卓越的政治改革家。他是西凉创建者李暠的重孙，北魏镇西大将军、敦煌公李宝的小儿子。李冲从小就喜爱交游，怀有济世报国之志，致力于经世致用之学。而且他人长的风度不凡，姿貌丰美，所以被冯太后所喜爱。太和年间的许多改革措施，多有李冲的参与谋划。
太和十年（486年），李冲建议废止宗主督护制，并提出了均田制、三长制。“均田令”是指国家对无主荒田以政府的名义定时、按人口分授给农民。冯太后按照全国人口密度不同的实际情况，制定“狭乡”和“宽乡”的政策。均田制规定：罪犯和绝户人家的土地收为公田，将来作为授田之用。人口增加后，以先贫后富的原则授给他们田地。各级官员是冯太后统治国家的支柱，按官职高低分给公田：刺史十五顷，太守十顷，治中、别驾各八顷，县令、郡丞各六顷。官田无权买卖。
均田制度使失去了土地的农民重新回到土地之上，流亡无居者和荫附于豪强名下的佃客也摆脱了束缚，成为政府的编户齐民，从而增加了国家控制的劳动人口和征税对象，提高了农民的生产积极性。这一制度，使北魏落后的社会经济结构迅速向先进的封建化的经济结构过渡，同时为经济结构的灵活运转补充了新鲜血液。均田令的颁布实施标志着北魏统治者开始转向接受汉族的封建统治方式。这一制度历经北齐、北周，到隋唐约三百年，不仅使北魏社会经济得到发展，而且奠定了后来隋唐社会的经济基础。冯太后主持推行的均田制，既对北魏历史的发展作出了重大贡献，也给后世留下了宝贵的遗产。
“三长制”则规定：五家为邻，设一邻长；五邻为里，设一里长；五里为党，设一党长。三长制与均田制相辅而行，三长的职责是检查户口，徵收租调，徵发兵役与徭役。
实行三长制，三长直属州郡，原荫附于豪强的荫户也将成为国家的编户，因而必将与豪强地主争夺户口和劳动力。李冲提出实行三长制的建议后，在朝廷中引起激烈争论。坚持宗主利益的中书令郑羲和秘书令高佑是反对派代表。他们对主持辩论的冯太后说，三长制看来很好，但实际行不通。朝臣中支持郑羲、高佑意见的大有人在。
李冲不同意这样的意见，他说：“眼下改制，正可使百姓亲受其益，使他们明白改制的目的，这正是推行新制的大好时机。”冯太后见众人莫衷一是，意见很难统一，便将手一挥，止住了众人的争论。她用眼光扫视了一下大殿上的群臣，斩钉截铁地宣布：“立三长，则课有常准，赋有恒分，庇荫之户可出，侥幸之人可止，如此看来，又有何不可？”群臣见她已是胸有成竹，就连那些持有异议者也都闭口缄默、俯首听命了。在冯太后的大力支持下，李冲的建议得以付诸实施。
三长制的建立，打破了豪强荫庇户口的合法性。在实行的过程中，三长还是从大族豪犟中产生，他们不仅本人可以享受免於征戍的特权，而且亲属中也有一至三人可以得到同样待遇。但较之宗主督护制，它毕竟是一种历史的进步。实行後，国家直接控制的自耕农民大量增加，国家赋税收入相应增加，农民赋税负担也有所减轻。北魏后期社会经济明显的恢复和发展，当与此有密切关系。北魏的三长制後来成为北齐、隋、唐时期乡里组织的基础。
临朝执政以后，冯太后对宗室子弟的要求很严。太和九年（公元485年），拓跋宏的弟弟拓跋禧封为咸阳王、拓跋斡封为河南王、拓跋羽封为广陵王、拓跋雍封为颍川王、拓跋勰封为始平王、拓跋详封为北海王。北魏建立学馆，诸王在里面学习。冯太后把她亲自撰写的300多条准则《劝戒歌》分发给王亲大公们，命他们反复背诵，遵守准则。
晚辈的诸王们一般能接受冯太后的思想，但与冯太后同辈的诸王不肯接受。怀朔镇将汝阴王拓跋天赐和长安镇将南安惠王拓跋桢，以老王自居，公然贪赃枉法。冯太后对他们毫不手软，于太和十三年（公元489年）将他们打人天牢。一些大臣到太后面前替二位老王爷说情。冯太后当天就召集文武大臣议论此事。冯太后问道：“你们说，我是赦免二王毁了法律，还是维护法律的尊严呢？”大臣们跪在地下，说：“无论如何应该赦免。”冯太后宣布退朝。大臣们走后，冯太后陷入矛盾之中。统治国家需要文武大臣们的支持，但是如果不严惩二王，会败坏法纪，引起百姓普遍的不满。第二天清晨，冯太后采取折衷方法，通过孝文帝颁布诏书：“二王犯下了十恶不赦的罪行，但太皇太后念他们是高宗的兄弟，南安王又是大孝子，免他们的官爵，监禁终身。”
冯太后对二王还如此严办，对付其他贪官污吏决不手软。太和三年（公元479年），有人举报秦州刺史尉洛侯、雍州刺史宜都王目辰和长安镇将陈提等人贪污时，冯太后派人调查。弄清犯罪事实后，冯太后处斩洛侯、目辰，发配陈提。从此，许多贪官污吏有所收敛了。
冯太后小时候有过一段逃难的生活，知道平民百姓的生活凄苦，平民百姓是那样淳朴。谁爱护百姓，哪怕只说了几句同情的话，百姓就对谁顶礼膜拜。冯太后常给百姓们一些实惠，对百姓们的遭遇深表同情。在均田制的实施过程中，冯太后对老、少、残疾人、寡妇有所照顾。
太和十一年（公元487年）从春天到夏天，北魏未见滴雨，禾苗大多枯死，出现了大瘟疫，又无法夏种，结果颗粒无收，很多百姓饿死。冯太后召集群臣献计献策。七月己丑日，冯太后派专人编造户籍，分配去留名额，通知各地官府，对前往就食的灾民一律赡养。冯太后还下令停止制作绵绸绫罗，将御府中一大半的衣服珍宝、太官杂器、太仆乘具、内库弓箭刀钤和外府衣物、缯布、丝纺分发给百姓。平日，她在一种宽仅几尺的几案上就餐，使原来的食谱减少了十分之八九，杜绝了奢侈、铺张。在冯太后的表率之下，拓跋宏也养成了节俭朴素的性格，平日穿着打扮多是浣濯之衣，坐骑的鞍辔是铁木做的，并无金雕玉镂。对此，冯太后极表赞赏。除了平日听政、临朝，冯太后还经常外出巡视。每到这时，她一般都将拓跋宏带在身边，以便让他随时随地得到磨炼。在冯太后的调理下，百姓们度过了灾荒。
冯太后发现，长期在她身边的人员对她胆战心惊。她认为，这些人怕她，都是她平常对他们言辞太严厉了。冯太后认为，他们的牢骚很大，只是不敢发作罢了。若再让他们成天胆战心惊，长此以往可能会受坏人利用，其后果严重。此后，冯太后在人们面前约束自己，对人和颜悦色。一次，冯太后的身体欠佳，需要吃稀粥。厨师夜里失眠，白天很疲乏，结果粥里竟有只大蜻蜓。冯太后轻轻吹了吹粥，用匕首把蜻蜓拨了出来，继续吃粥。拓跋宏夺过粥碗，要治厨师的罪。冯太后连忙安慰厨师，还劝拓跋宏说：“别吓着他，这点小事就算了吧！”厨师跪在地上向太后叩头。
公元490年（太和十四年）九月，49岁的冯太后死于平城皇宫的太和殿，谥号文明太皇太后。她临终时，曾降遗旨，并书之金册，安排了自己的后事。遗旨说：她死后，逾月即行安葬。山陵之制，务行俭约，其幽房设施、棺椁修造，不必劳费。陵内不设明器，至于素帐、缦茵、瓷瓦之物，亦皆不置。
文明太后的死，使孝文帝痛不欲生，五日内他滴水未进，毁慕哀悼。对文明太后的陵墓规格，尽管高闾、游明根等鸿儒重臣多方要求按太后金册遗旨办，孝文帝仍坚持将坟陵拓宽60步，实际上这是对国君的葬礼规格。
在文明太后实际执政的这些年间，她主持所采取的这些重大改革措施，对于促进北魏由鲜卑族落后的生产方式向汉族先进的封建生产方式的过渡，即封建化起到了推动作用。此外，为了使鲜卑族逐渐适应汉族人民的生活方式和礼仪制度，文明太后大兴教育，尊崇儒法，禁断卜筮、谶纬之学，从而开始了鲜卑族的汉化过程。这一点，又为后来孝文帝拓跋宏迁都洛阳，推行大规模的汉化措施打下了基础，清除了障碍。后世将文明太后执政及后来拓跋宏当政所采取的各种改革措施成为“太和改制”。
文明太后主持下的“太和改制”，对中国历史的发展进程起到了巨大的推动作用。文明太后以祖母的身份训导精明的皇孙拓跋宏，而拓跋宏为她临朝时无所畏惧的气度所威慑，对她产生了深深的敬佩。拓跋宏自己当政后，继续推行鲜卑族的汉化，把“太和改制”推向高潮，自己也成为了北魏乃至中国整个封建史上杰出的少数民族君王。文明太后主持下的“太和改制”，对中国历史的发展进程起到了巨大的推动作用。文明太后以祖母的身份训导精明的皇孙拓跋宏，而拓跋宏为她临朝时无所畏惧的气度所威慑，对她产生了深深的敬佩。拓跋宏自己当政后，继续推行鲜卑族的汉化，把“太和改制”推向高潮，自己也成为了北魏乃至中国整个封建史上杰出的少数民族君王。